逊尼教派和什叶教派在信仰的根基、证言的内容、领袖的身份、救世主的信念、祈祷的方式和法学的流派等方面存在区别。
伊斯兰教是世界上第二大宗教，拥有约20亿信徒，其中大约85%属于逊尼教派，15%属于什叶教派。这两个教派的分裂源于7世纪初期，当时伊斯兰教的创始人穆罕默德去世后，穆斯林社会面临着谁来继承他的领导权的问题。由此产生了矛盾并最终分道扬镳，形成了两个不同的教义和传统。
一、信仰的根基
逊尼派和什叶派都相信伊斯兰教的基本信条，即只有一个真主，穆罕默德是他的使者，以及古兰经是真主的启示。但是两个教派在信仰的根基上有所不同。逊尼派基于五功：念，即宣誓只信奉真主和穆罕默德；礼，即每天五次朝向麦加祈祷；斋，即在斋月期间从黎明到日落禁食；课，即向穷人和慈善机构捐献部分财富；朝，即至少一次在一生中到麦加朝圣。
什叶派基本上也遵循这五功，但是还增加了两项：戒，即为真主而奋斗；善，即命令行善。
二、证言的内容
证言是伊斯兰教最重要的信条之一，也是成为穆斯林的必要条件。逊尼派和什叶派在证言的内容上有所不同。逊尼派为“没有别的神，只有真主，穆罕默德是真主的使者”。但是什叶派加上了“阿里是真主的亲密伙伴”。
三、领袖的身份
领袖在伊斯兰教中有不同的含义和作用。
逊尼派认为领袖是穆斯林社会的政治和宗教领导者，他们应该由穆罕默德的同伴或者他们的继承者选举产生，而不一定要是穆罕默德的血亲。逊尼派认为领袖是普通人，不具有神圣的地位或者特殊的知识，他们的作用是维护伊斯兰教的法律和传统。逊尼派历史上有四个公认的正统哈里发，分别是艾布.伯克尔、欧麦尔、奥斯曼和阿里。
什叶派则认为领袖是穆斯林社会的精神和道德领导者，他们应该是穆罕默德的直系后裔，也就是阿里和他的儿子侯赛因以及他们的十二个继承者。什叶派认为领袖是无过失的，具有神圣的权威和隐秘的知识，他们的作用是解释伊斯兰教的真理和指导穆斯林的行为。什叶派历史上有十二个公认的伊玛目，最后一个是穆罕默德.阿尔.马赫迪，他在874年隐没了，但什叶派相信他会在末日前回归。
四、救世主的信念
救世主（mahdi）在伊斯兰教中是指一个将在末日前出现，消灭邪恶，建立正义和和平的人物。逊尼派和什叶派对于救世主的信念也有所不同。
逊尼派认为救世主是一个未知的人物，他会在耶稣降临之前出现，与耶稣一起对抗假基督，并恢复伊斯兰教的纯洁和荣耀。
什叶派则认为救世主就是他们的第十二个伊玛目穆罕默德.阿尔.马赫迪，他已经出生并隐没了，但仍然活着，并在一个隐秘的地方等待着回归。什叶派相信马赫迪会在一场大混乱之后回归，并与耶稣一起对抗假基督，并建立一个全球性的什叶派政权。
五、祈祷的方式
祈祷是伊斯兰教最重要的礼拜之一，也是每个穆斯林每天必须履行的义务之一。逊尼派和什叶派在祈祷的方式上也有一些细微的差别。
1，逊尼派在祈祷时会把双手放在胸前，而什叶派则会把双手放在两边。
2，逊尼派在祈祷时会用一块小石头或者木头作为额头触地的垫子，而什叶派则会用一块泥土或者陶瓷作为垫子，以表示他们与穆罕默德和阿里的亲密关系。
3，逊尼派在祈祷时会跟随领祷者的动作，而什叶派则会稍微延迟一点，以表示他们只服从真正的伊玛目。
4，逊尼派和什叶派在祈祷的次数上也有不同，逊尼派每天五次，而什叶派可以把中午和下午的两次合并为一次，以及把晚上和夜间的两次合并为一次，从而每天只需三次。
六、法学的流派
法学是伊斯兰教中研究和解释伊斯兰教法律的学科，它主要依据古兰经、圣训、共识和类推等来源。逊尼派和什叶派在法学的流派上也有所不同。
逊尼派有四个主要的法学流派，分别是汉非里、马利基、沙菲耶和汉拔里，它们主要在一些细节问题上有不同的见解和偏好，但是基本上相互尊重和容忍。
什叶派有一个主要的法学流派，就是贾法里，它是以他们的第六个伊玛目贾法尔.萨迪克命名的，它主要依据古兰经、圣训、理性和社区利益等来源。