朱、陆所读之书，皆孔孟之书；所讲之学，皆孔孟之学。所谓理学，乃是以孔孟儒家思想为核心的义理之学。理学家们不满足将孔孟仁义道德等规范仅仅作为伦理道德范畴，而是把“理”上升到宇宙观。朱熹将“理”看作是“不为尧存，不为桀亡”的一种客观存在，因而其方法重“格物穷理”，故二陆批评其学“支离破碎”。陆九渊认为“心即理”，将“仁义之理”看作是人的本性，因而其方法重“发明本心”，故朱熹批评二陆之学“教人过简”。也就是说，理学与心学的对立是朱、陆哲学的根本分歧。
但是理学与心学的对立又不是绝对的，在有些问题上是对立的，在另一些问题上又是同一的。
“心即理”是陆九渊哲学的主要命题。但他所谓“理”，有时也表述具有客观性，称之为“天下之定理”，“天下之常道”。（《象山全集》卷二，《与王顺伯》）他说：“此理在宇宙间，未尝有所隐遁，天地之所以为天地者，顺此理而无私焉耳。人与天地并立而为三极，安得自私而不顺此理哉？”（《象山全集》卷十一，《与朱济道》）他和朱熹一样，认为理是“所以然者”，是必须遵守而不能违抗的：“此理充塞宇宙，天地鬼神且不能违，况于人乎！”（《象山全集》卷十一，《与吴子嗣》）宇宙间只有一理，天地万物和人，都在此理之内，学习的目的在于明理而已：“宇宙间一理耳。学者之所以学，欲明此理耳。此理之大岂有限量，程明道所谓有憾于天地，则大于天地者矣。”（《象山全集》卷十二，《与赵咏道》）这与朱熹的“理”是一致的。
朱熹认为，理是实的，这就是人伦道德之理，它是天地万物的道理，是永恒不变的。陆九渊也认为：“宇宙间自有实理，所贵乎学者为能明此理耳。”（《象山全集》卷十四，《与包详道》）“吾所明之理，乃天下之正理、实理、常理、公理。”（《象山全集》卷十五，《与陶赞仲》）所谓正理，就是儒家之理，而非佛、道之理；所谓常理，就是“万世不变之理”；所谓公理，就是人与自然所共有之理，是“人之所共由者”；所为实理，就是封建伦理道德之理。他说：“道者，天下万世之公理，而斯人之所共由者也。君有君道，臣有臣道，父有父道，子有子道，莫不有道。惟圣人能备道，故为君尽君道，为臣尽臣道，为父尽父道，为子尽子道，无所处而不尽其道。常人固不能备道，亦岂能尽亡其道？”（《象山全集》卷二十一，《论语说》）可见，陆九渊所谓理，就是封建伦理道德的总概括。
故黄宗羲曰：“二先生同植纲常，同扶名教，同宗孔孟。即使意见不合，亦不过仁者见仁，智者见智。所谓学焉而得其性之所近，原无有背于圣人。矧夫晚年又志同道合乎！”（《宋元学案》卷五十八，《象山学案》）
朱、陆所谓“意见不合”，集中体现在心与理的关系上。在心与理的关系上，朱熹虽有“心即理”的思想，但“性即理”是他客观唯心主义的基本命题。他承认心外之理是最高本体，因此是理一元论者。而陆九渊认为，天地万物之理都在我心中，心与理是完全合一的，故是心一元论者。
陆九渊说：“心，一心也；理，一理也。至当归一，精义无二，此心此理，实不容有二。”（《象山全集》卷一，《与曾宅之》）所谓心与理“不容有二”，就是针对朱熹的“心外有理”而言。他认为，理具于心，心就是理，不必离心去讲什么理。他说：“人皆有是心，心皆具是理，心即理也。”（《象山全集》卷十一，《与李宰》）“人心至灵，此理至明，人皆有是心，心皆具是理。”（《象山全集》卷二十二，《杂说》）可见，陆九渊反对朱熹的“心外有理”。
对于陆九渊的“心即理”思想，朱熹既有肯定，又有批评。肯定陆九渊讲良知良能四端，“且成片举似经语，不可谓不是”，并且他本人也有这类思想。同时又批评说：“圣贤之教，无内外本末上下。今子静却要理会内，不管外面，却无此理。”（《朱子语类》卷一二四）可见朱、陆之间，并不仅是心与理是否合一的矛盾，而且还有心外是否有理、心外是否有物的矛盾。
朱熹不仅承认心外有理，而且承认心外有物。陆九渊则反对心外有物，进而提出“吾心即宇宙”的思想。他说：“四方上下曰宇，往古来今曰宙。宇宙便是吾心，吾心即是宇宙。”“宇宙内事，是己分内事；己分内事，是宇宙内事。”（《象山全集》卷二十二，《杂说》）
宇宙如何便是吾心呢？他说：“万物森然于方寸之间，满心而发，充塞宇宙，无非此理。”（《象山全集》卷三十四，《语录》）这就是说，只有经过我的心，才能知道有万物；没有我的心，就无法知道有万物。因此，万物就在心中。吾心豁然，就能充塞宇宙。可见这是彻底的主观唯心主义思想。
由于朱、陆哲学在本体论上的差异，因而导致方法论上的差异。黄宗羲说：“先生（陆九渊）之学以尊德性为宗，谓先立乎其大者而后天之所以与我者不为小者所夺。夫苟本体不明而徒致功于外索，是无源之水也。同时紫阳（朱熹）之学则以道问学为主，谓格物穷理乃吾人人圣之阶梯。夫苟信心自是而惟从事于覃思，是师心自用也。”（《宋元学案》卷五十八）
陆九渊强调以尊德性发明本心，即“先立乎其大”为宗旨，提倡易简工夫。朱熹强调尊德性与道问学，涵养本心与格物穷理同时并进，但更强调格物穷理。朱熹以读书为穷理的主要方法，但根本目的仍然是明德性。陆九渊主张“先立根本”，根本既立，则“六经皆我注脚”。（《象山全集》卷三十四，《语录》）故批评朱熹格物穷理的方法为“支离”破碎。
朱熹认为，不能只强调内面而忘了外面，必须内外功夫并用而不可偏废。内外本是一理，但由于人气禀之私，物欲之蔽，不能明得心中天理，故一面要存心，一面要穷理；一面要做心地功夫，一面要向外格物。二者齐头并进，用力久了，必然豁然贯通，“则亦有以知其浑然一致而果无内外精粗之可言矣。”因此，内心功夫固不可缺，但穷理之学决不可无。如果没有外面功夫，内心功夫也无从做，吾心之明德也不能明。如果不管外面，“外面更有过言过行更不管，却云吾正其心，有此理否？”（《朱子语类》卷一二○）
他批评陆九渊说：“陆子静说良知良能，四端根心，只是他弄这物事，其他有合理会者，渠理会不得，却禁人理会。鹅湖之会，渠作诗云‘易简工夫终久大’，彼所谓‘易简’者，苟简容易尔，全看得不仔细。……易简有几多事在，岂容易苟简之云乎！”（《朱子语类》卷十六）“今必以是为浅近支离而欲藏形匿影，别为一种幽深恍惚艰难阻绝之论，务使学者莽然措其心于文字语言之外，而曰道必如此然后可以得之，则是近世佛学诐淫邪遁之尤者。”（《大学或问》卷二）即以陆学为禅学，只讲顿悟而不讲渐修，只讲理性的飞跃而不讲感性认识的积累。
所以朱熹既重视尊德性又重视道问学，认为二者不可偏废。如果只有尊德性而无道问学，则功夫缺了一半，那一半也决不成学问。因为二者“始终本末循循有序。精粗巨细无有或遗。”要尊德性，就必须要道问学。虽然需要各自加功，但又不是“判然两事”。“故君子之学，既能尊德性以全其大，便须道问学以尽其小。”“学者于此固当以尊德性为主，然于道问学亦不可不尽其力。要当使之有以交相滋益，互相发明，则自然该贯通达而于道体之全，无欠阙处矣。”（《朱文公文集》卷七十四，《玉山讲义》）
陆九渊针对朱熹的批评提出了激烈的反批评：“朱元晦曾作书与学者云，陆子静专以尊德性诲人，故游其门者多践履之士，然于道问学处欠了。某教人岂不是道问学处多了些子，故游某之门者践履多不及之。观此则是元晦欲去两短合两长。然吾以为不可。既不知尊德性，焉有所谓道问学？”（《象山全集》卷三十四，《语录》）他认为朱熹的“去两短，合两长”也不行。只有存吾心守吾德性，才是根本。根本不立，一切无从谈起。此乃是他的“易简”工夫。
朱熹认为，每一物有一理，“格物是零碎说”，都要格，今日格一物，明日格一物，最后才能豁然贯通。并且批评陆九渊穷理只穷一个理是“只寻个一，不知去哪里讨头处”。陆九渊也讲格物致知、格物穷理，但他的格物穷理是立足于“心即理”之处。他不承认有所谓事事物物之理，且反对朱熹向外去穷理。理只有一个，此外别无理。穷理就是穷这一个理。他认为“理只在眼前，只是被人自蔽了”，因此，穷理就是“不专论事论末，专就心上说。”（《象山全集》卷三十五，《语录》）
从朱、陆的异同可看出，二者对理的认识是一致的，即如黄宗羲所云：“二先生同植纲常，同扶名教，同宗孔孟。”但对于理的存在形式，二者产生了分歧。朱熹认为理是客观存在，陆九渊认为理存在于心，心即理；朱熹认为，由于理是客观存在的，必须通过格物才能致知，先泛观博览而后归之简约，即从感性认识到理性认识，才能产生飞跃；陆九渊认为，由于理存在于心，必须发明本心，才能先立其大，才能心如明镜，即提倡“顿悟”。 在认识方法上，朱熹晚年在一定程度上肯定陆九渊“发明本心”的日用功夫。据《象山年谱》载，陆九渊“闻朱元晦《喜晴诗》云：‘川源红绿一时新，暮雨朝晴更可人。书册埋头何日了，不如抛却去寻春’。先生闻之喜曰：‘元晦至此有觉矣，是可喜也。’”（《陆九渊集》第412 页）实际上这首诗只不过是对做学问的一种生活感受，并不能说明朱熹接受陆九渊观点。而能说明接受陆九渊观点的，见朱熹《答陆九渊书之二》中云：“尔来日用功夫，颇觉有力，无复向来支离之病，甚恨未得从容面论。未知异时相见，尚复有异同否耳！”（《陆九渊集》第550页）这是否就是黄宗羲所说朱、 陆“矧夫晚年又志同道合乎？”之意呢？